Die Anatomie eines Fisches kann in drei große Bereiche unterteilt werden, welche wiederum detaillierter beschrieben werden können:

Betrachtet man den in dem Bild dargestellten Fisch, so fallen bestimmte Bereiche sofort auf, wie Kopf, Augen, Kiemendeckel, Rumpf und Flossen. Diese lassen sich aber noch feiner unterteilen, da zu einer Spezifizierung und Beschreibung von Fischarten eine genaue Angabe von Merkmalen in einer bestimmten Körperregion unerläßlich sind.
Ein Fischkörper ist in der folgenden Reihenfolge mehr oder weniger gleich aufgebaut. Nach dem Kopf, welcher durch Nasengrube, Mund und Augen gekennzeichnet ist, folgt die Kiemen- und oberhalb dieser die Nackenregion. Brust-, Bauch- und die erste Rückenflosse befinden sich im Bereich des sich anschließenden Rumpfes. Die darauf folgende Schwanzregion zeichnet sich durch die zweite Rückenflosse, die After- und Schwanzflosse aus. Vom Kiemendeckel bis zum Schwanzflossenansatz erstreckt sich weiterhin die Seitenlinie als eines der wichtigsten Sinnesorgane der Fische. In der Regel ist die gesamte Körperpartie vom Kopfende bis zu den Flossenansätzen mit Schuppen besetzt. Die Flossen von Süßwasserfischen unterteilen sich in paarige und nichtpaarige Flossen. Zu den nichtpaarigen gehören die Rückenflossen 1 und 2 (Pinna dorsalis, kurz Dorsale, wobei die D2 auch als Fettflosse ausgebildet sein kann, z.B. bei Salmlern oder ganz fehlt), die Afterflosse (Pinna analis, kurz Anale) und die Schwanzflosse (Pinna caudalis, kurz Caudale). Paarig angeordnet sind hingegen die Brustflossen (Pinna pectoralis, kurz Pectorale) und die Bauchflossen (Pinna ventralis, kurz Ventrale). In den Fischartenbeschreibungen wird auf die vollständige und kurze Bezeichnung verzichtet. Dafür erscheinen die Anfangsbuchstaben der Kurzbezeichnung. Bei den Rückenflossen wird noch in D1 und D2 unterschieden, so eine zweite Rückenflosse die Art kennzeichnet. Daneben wird zwischen Hart- und Weichstrahlen der Flossen differenziert. Die Bezeichnungen sind in soweit irreführend, da Hartstrahlen auch elastisch und Weichstrahlen hart sein können. Korrekt ist der Unterschied im Aufbau der Flossenstrahlen zu sehen. Hartstrahlen sind in ihrem Aufbau ungegliedert und nicht verzweigt, wohingegen Weichstrahlen gegliedert und verzweigt sind. Zur Kennzeichnung in den Flossenformeln werden Hartstrahlen mit römischen Ziffern und Weichstrahlen mit arabischen Ziffern beschrieben. Die Formel D1 IX/17-19 bedeutet daher 1. Dorsale oder Rückenflosse bestehend aus 9 Hartstrahlen und 17 bis 19 Weichstrahlen.

Die Haut der Fische besteht aus zwei Hauptbereichen: der Oberhaut (Epidermis) und der Unterhaut (Cutis).
In der Epidermis sind Schleimzellen enthalten, die den Fisch im Wasser glatt und schlüpfrig machen, damit der Wasserwiderstand beim Schwimmen verringert wird. Die darunter liegende Cutis nimmt das Fettgewebe, die Blutgefäße, die Farbstoffzellen (Chromatophoren) und die Schuppen auf. Farbintensitäten der Fische werden durch die Eigenschaft der Chromatophoren hervorgerufen sich auszubreiten und zusammenzuziehen. Dadurch erscheint die Färbung, je nach Wohlbefinden und Gesundheitszustand, intensiver bis blaß. Bei den Schuppen unterscheidet man Rund- oder Cycloidschuppen, z.B. bei Barben und Salmlern, sowie Kamm- oder Cternoidschuppen, z.B. bei Barschen.

Zu den äußerlich erkennbaren Sinnesorganen zählen die Nasengrube, zu der im Zusammenhang mit dem Gehirn mehr gesagt werden soll, das Auge und die Seitenlinie.
Das Auge eines Fisches ist in seinem Aufbau dem des Menschen sehr ähnlich und unterscheidet sich äußerlich nur durch das Fehlen der Augenlider. In der Funktion unterscheidet sich das Fischauge darin, daß die Nah- und Fernsicht anders erreicht wird. Bei einem menschlichen Auge wird die Linse verformt, wohingegen sich die Fischlinse in ihrem Abstand zur Hornhaut verändert.
Eines der wichtigsten äußeren Sinnesorgane stellt die Seitenlinie der Fische dar. Dieses Organ ist in der Lage, durch in der Unterhaut (Cutis) hintereinander liegende Sinneszellen Strömungen im Wasser zu erfassen. Diese Zellen sind mit dem Wasser durch feine schräge Kanäle verwunden, die die Schuppen durchbohren. Die Anordnung und Anzahl der zur Seitenlinie gehörenden Schuppen dienen ebenfalls zur Klassifizierung der Arten.