In den 19 Fachabteilungen mit insgesamt 660 Betten einschließlich der Hellge Klinik, 10 Dialyseplätzen und 8 teilstationären Schmerztherapieplätzen werden jedes Jahr rund 31.000 Patienten stationär und rund 41.000 Patienten ambulant versorgt. Das Klinikum ist mit modernster Medizintechnik ausgestattet und entwickelt sich ständig weiter. Sauberkeit und Hygiene sind bei der Behandlung der Patienten von größter Bedeutung.

Das Klinikum Passau ist als Herzzentrum das einzige Krankenhaus Niederbayerns mit Herzchirurgie. Mit seinen verschiedenen Krebszentren – Brustzentrum, Darmkrebszenturm, Gynäkologisches Krebszentrum, Pankreaszentrum und Zentrum für Hämatologische Neoplasien – ist es Onkologisches Zentrum für Ostbayern. Es ist überregionales Traumazentrum im Traumanetzwerk, zertifiziertes Endoprothetikzentrum der Maximalversorgung, zertifiziertes Gefäßzentrum sowie zertifizierte Ernährungsklinik. Das Klinikum Passau verfügt über eine Schlaganfall-Spezialeinheit „Stroke Unit“ und eine Abteilung, in der Patienten mit akuten Brustschmerz-Beschwerden behandelt werden: „Chest-Pain-Unit“. Durch die direkte Verbindung zur Kinderklinik Dritter Orden ist das Klinikum Passau auch Perinatalzentrum Level 1 zur Versorgung von Früh- und Neugeborenen in Ostbayern. Die Einrichtung ist Lehrkrankenhaus der Universität Regensburg.